Злой сёгун Аомори терроризирует местных жителей на протяжении многих лет, душа их налогами, а также нередко применяя физическую расправу, отличающуюся особой жестокостью. Сколько можно всё это терпеть? Легендарный Отряд Ниндзя намерен положить конец его тирании раз и навсегда! Ninja Squad – это кооперативная игра, в первой половине которой игроки берут на себя роль ниндзя и пытаются пробраться сквозь охрану и фонари, чтобы добраться до дворца сёгуна. Обратная сторона игрового поля используется во второй половине игры, то есть в гонке между игроками по имперским садам. Первый ниндзя, достигший синего леса, получает заслуженную славу.